Doğu Türkistan Vakfı, 23 Mart 1978 tarihinde kuruldu (İstanbul 8. Noterliğinin 23.03.1978 tarih ve 9471 sayılı Düzenleme Suretiyle Vakıf Senedi). Vakıf Senedinde
yer alan sıralama ile 13 kişilik ilk kurucular heyeti şu isimlerden oluşuyordu: Mehmet Sayit Bilgiç, İsa Alptekin, Hamidullah Tarım, Rasim Cinisli, Aykut Edebali, Süleyman İrfan Atagün, Mehmet Emin Alpkan, Hacı Mehmet Kasım, Abdulkadir Cengiz, Nasrettin Babakurban, MünireddinAlemdar, Mustafa Koçak ve Ferit Edibali.
Vakfın kuruluşu İstanbul Asliye Hukuk Mahkemesi’nce tescil edildikten sonra kuruluş kararı, Resmi Gazete’nin 6 Temmuz 1978 tarih ve 16338 sayılı sayısında yayınlandı. Vakfın ilk Mütevelli Heyet Başkanlığına da İsa Alptekin seçildi.
Vakıf Mütevelli Heyeti, Kurucu Başkan İsa Yusuf Alptekin’in 1978 yılında bir trafik kazası geçirip, uzun süre hastanede yatması ve gözlerinin zayıflaması, daha sonra da 12 Eylül ihtilali üzerine, 14.11.1980 tarihinde Vakfı fesih kararı aldı.
Yaklaşık 6 yıl sonra ise Em. General Mehmet Rıza Bekin’in çabaları ile Vakıf Mütevelli Heyeti’nin hayatta olan kurucu üyeleri toplanarak alınan fesih kararını iptal etti.
Bu kararın ardından 26.06.1986’da yapılan Genel Kurulda Vakfın yeniden canlandırılarak, değişen dünya şartlarına göre yeni faaliyet ve girişimlerde bulunması kararlaştırıldı. Yeni kurucular belirlendi ve Mütevelli Heyetinin büyük kısmı değiştirildi. Başkanlığa Em. Gen. Mehmet Rıza Bekin’in seçildiği toplantıda aşağıdaki isimler yeni Mütevelli Heyeti üyeleri olarak seçildi:
Mehmet Rıza Bekin (Emekli General) – Başkan
Sultan Mahmut Kaşgarlı (Öğr. Gör.) – Başkan Yardımcısı
Mehmet Saray (Doç. Dr.) – Genel Sekreter
Mehmet İlyas (Serbest Meslek) – Veznedar
Yasin Kökdağ (Serbest Meslek) – Muhasip
Ekmeleddin İhsanoğlu (Prof. Dr.) – Üye
Ergun Göze (Gazeteci-Yazar) – Üye
Seyfettin Doğan (Em. As. Hakim- Avukat) – Üye
Ahmet Minbay (Prof. Dr.) – Üye
Übeydullah Türkistanlı (Tüccar) – Üye
Zeki Teyci ( Serbest Meslek) – Üye
Aynı toplantıda Doğu Türkistan Neşriyat Merkezi adına İsa Yusuf Alptekin sahipliğinde yayınlanmakta olan Doğu Türkistan’ın Sesi dergisinin imtiyaz hakkı Doğu Türkistan Vakfı’na devredildi. İmtiyaz sahipliğini Vakıf adına M. Rıza Bekin üstlendi.
Doğu Türkistan Vakfı, ihya edildikten sonra amaç ve hedefleri doğrultusunda hızla çeşitli faaliyetler hayata geçirmeye başladı. Doğu Türkistan tarihini, kültür ve sanatını tanıtmak, Türkiye’de yaşayan ve yeni gelen Doğu Türkistanlıların sosyal, ekonomik ve eğitim konusundaki sorunlarıyla ilgilenmek, değişmekte olan uluslararası konjonktürde Doğu Türkistan meselesinin bilinmesini sağlamak üzere hızla harekete geçti. Doğu Türkistan Vakfı, Mehmet Rıza Bekin başkanlığında hariçte ve diasporada faaliyet gösteren Doğu Türkistanlı sivil toplum örgütlerinin en güçlüsü ve yol gösterici teşkilatı oldu.
Bu bağlamda büyük bir eğitim seferberliği başlattı; Doğu Türkistan başta olmak üzere bağımsızlığını yeni kazanmış Türk cumhuriyetlerinde yaşayan yüzlerce Uygur öğrenci getirilerek Türkiye’deki seçkin üniversitelerde lisans ve lisansüstü eğitim görmeleri sağlandı. Türkiye Cumhuriyeti’nin sağladığı imkânlarla gerçekleştirilen bu başarı, Doğu Türkistan tarihinin en büyük eğitim seferberliklerinde biri oldu. Böylece, Doğu Türkistan’da 19.yüzyılın ikinci yarısında başlayan ancak işgalci Çin’in engellemeleriyle istenilen sonuca ulaştırılamamış usulü cedit eğitim hamlesinin zirveye ulaşması sağlandı.
Yine hariçte yürütülen Doğu Türkistan davası tarihi açısından kilometre taşı olacak olan uluslararası bir sempozyum düzenleyerek, Sovyetler Birliği’nin dağılmasından sonraki durum ele alındı. Türkiye ve dünyanın çeşitli ülkelerinden gelen bilim insanları tarafından sunulan bildiri, ortaya konulan görüş ve öneriler ışığında yeni durumda izlenecek strateji ve politikalarla ilgili önemli bir yol haritası belirlendi.
Vakıf, bunları yanı sıra Türkiye’de sayıları artmaya başlayan Doğu Türkistanlıların sosyal, kültürel ve ekonomik sorunlarıyla da yakından ilgilendi. İkamet, vatandaşlık, ilk ve orta öğretime yerleştirme sorunlarını çözdü.
Bu arada Vakfın girişimleri ile Şehzade semtinde bulunan Nevşehirli Damat İbrahim Paşa Medresesi’nin Vakıflar Genel Müdürlüğünce Doğu Türkistan Vakfı’na tahsisi sağlandı. Teslim alındığı tarihte oldukça harap vaziyette olan medrese, dört yıl gibi uzun bir süredeyenilendi. Restorasyonun tamamlanmasından sonra 18 Temmuz 1993’te törenle açıldı.
2010 yılından sonra Doğu Türkistan Vakfı’nın girişimleri ile yeni bir yenileme projesi daha hayata geçirildi. Avrupa Kültür Başkenti Yürütme Kurulu, İstanbul Ticaret Odası ve Vakıflar 1. Bölge Müdürlüğü’nün destekleriyle gerçekleştirilen yenileme çalışmalar tamamlandıktan sonra 2017 yılından itibaren bugünkü görünümüne kavuştu.
Em. Gen. Mehmet Rıza Bekin, Vakıf Mütevelli Başkanlığı görevini vefat ettiği16 Şubat 2010 tarihine kadar sürdürdü. Yapılan seçimde yeni başkan Hamit Göktürk oldu. Ancak, kısa bir süre sonra görevi sonlandırılmak durumunda kalındı. Ardından Vakıf, yeniden hayatta olan ilk kurucuların yönetimine devredildi. İlk kurucu heyet, yaptığı toplantıda Vakfı Senedi gereği, kurucu üyelerin de içinde olduğu 21 kişilik bir Mütevelli Heyeti belirlenmesine karar verdi.
Bu karardan sonra başkanlık görevini, sırasıyla Ilgar Alptekin (07.11.2011-22.02.2012), Muhammet İsa Artış (22.02.2012-26.02.2013), Eser Saka (26.02.2013-29.01.2017), Abdulhamit Avşar (29.01.2017-18.01.2018), Muhittin Canuygur (18.01.2018-24.10.2024) ve İlhan Turanlı (24.10.2024-27.12.2025) üstlendi. 27 Aralık 2025 tarihinden itibaren de Prof. Dr. Abdulhamit Avşar yürütmektedir.
Vakfımız bugün de kuruluş senedinde yer alan amaçlar doğrultusunda Doğu Türkistan’ın kültürel, sosyal, tarihi, ekonomik ve diğer yönleriyle araştırılmasına ve tanıtılmasına; sosyal ve kültürel etkinlikler düzenlemeye; söyleşiler, paneller düzenlemeye; akademik çalışmalar ortaya koymaya devam etmektedir. Aynı zamanda Doğu Türkistan’a yönelik Çin politikasının amaç ve hedeflerini ortaya koymak, Çin’in uyguladığı insan hakları ihlalleri, asimilasyon ve soykırım politikalarıyla ilgili gerçekleri anlatmak, Çin’in ekonomi ve diplomasi yoluyla yayılma politikaları konusunda kamuoyunu aydınlatabilmek için de çalışmalar yapmaktadır.
Doğu Türkistan Vakfı, dünyada faaliyetini devam ettiren en eski Doğu Türkistan sivil toplum örgütüdür.